जब प्लेग की त्रिशा मर जाती है तो भाई उसे पुनर्जीवित करने के प्रयास में मानव परित्याग की प्रतिबंधित कीमिया तकनीक का प्रदर्शन करते हैं। नतीजतन, ट्रांसमिशन बैकफ़ायर और समान रूप से विनिमय के साथ कानून में, बाएं पैर और अल्फोंस के एडवर्ड के पूरे शरीर को बर्बाद कर दिया जाता है। एडवर्ड ने अल्फोंस की आत्मा को बचाने के लिए अपनी दाहिनी बांह खो दी, इसे एक कवच के सूट में रक्त की सील को बांध दिया। रॉय मस्टैंग ने एडवर्ड को स्टेट अल्केमिस्ट द्वारा शोधित अल्फोंस के शरीर को बहाल करने के लिए एक विधि बनने के लिए आमंत्रित किया। एडवर्ड विजय, अपने प्रोस्थेटिक पोस्ट अंगों के अनुसार नाम बन गया, फुलमेटल अल्केमिस्ट।
तीन साल बाद, एलिएर ने अपने उद्देश्यों को महसूस करने के लिए प्रसिद्ध दार्शनिक स्टोन की खोज की। मार्कोह अपने नोट्स को उनके द्वारा भेजे जाने के लिए भेजता है, हालांकि वे वास्तव में स्टोन को मानव बलिदान करने के लिए आवश्यक कारक सीखते हैं। मस्टैंग के मित्र, मेस ह्यूजेस, उनके शोध पर काम करते हैं, लेकिन होमुंकी की रणनीतियों को खोजने के लिए एक प्रच्छन्न ईर्ष्या के साथ गोली मार दी जाती है।
इज़ुमी के साथ देखते हुए, एलिएरिक्स को पता चलता है कि मानव संप्रेषण उसके द्वारा अभी भी अपने बच्चे पर निर्भर था। बदमाश होम्युकुलस लालच अल्फोंस को पकड़ लेता है, लेकिन एम्सट्रिस के अध्यक्ष किंग ब्रैडली द्वारा बचाया जाता है, जिसे होमकुंकस क्रोध के रूप में दिखाया गया है। इस प्रकार लालच के माध्यम से पिघलाया जाता है और मूल के पितामह होमुंकुली के अंदर पुन: प्रसारित किया जाता है। विन और एलियक्स ह्यूजेस के साथ जाने के लिए सेंट्रल सिटी लौटते हैं लेकिन उनके गुजर जाने का पता चलता है। लेफ्टिनेंट मारिया रॉस को ह्यूज की हत्या के लिए तैयार किया गया है, लेकिन जाहिर तौर पर उसे मस्टैंग द्वारा मार दिया गया। फिर भी, एडवर्ड को पता चलता है कि रॉस की विदाई का मंचन किया गया था, ताकि उसे मुंग द्वारा संयुक्त राज्यों से ज़िंग के लिए तस्करी करके लाया जा सके, जो कि ज़ेनेस राजकुमार लिंग याओ द्वारा मदद की गई। होहेनहेम एडवर्ड द्वारा फिर से जुड़ गया है लेकिन निवास पर उसकी लंबी अनुपस्थिति के लिए उसे निराश करता है।
कथा के अग्रिमों के अनुसार, होमुंकुली का सामना नायक द्वारा बार-बार किया जाता है। मस्तंग वासना को मारता है; मस्टैंग और लिंग ग्लुटोनी को पकड़ लेते हैं, हालांकि वह ईर्ष्या को अपने अशक्त और एडवर्ड, लिंग-समान पेट में समाप्त कर देता है। ग्लूटोनी पिता से मिलने के लिए अल्फोंस को ले जाती है, लेकिन लिंग एक होमक्यूलस में बदल जाता है, विशेष रूप से लालच का सबसे नया अवतार, जब अन्य ग्लूटोनी के पेट से बच जाते हैं। एल्टर को अपनी खोज जारी रखने के लिए जारी किया जाता है बशर्ते कि पिता उनके द्वारा विरोध न करें।
ब्रिग्स के नीचे एक भूमिगत सुरंग का पता लगाते हुए, जनरल ओलिवियर आर्मस्ट्रांग ने फादर को खोजा और एलीट्रिक्स एक राष्ट्रीय प्रसारण समूह बना रहा है और अपने नागरिकों को देने का इरादा रखता है, ताकि वह ईश्वरीयता में चढ़ सके। लालच पिता और उसके पिछले स्वयं की यादों को धोखा देता है, और बाद में एडवर्ड, किम्बल होहेनहिम के चिमेरा मिनियन के साथ मिलकर। होहेनहेम अपने पुत्रों के सामने व्यक्तिगत रूप से प्रकट करता है कि वह नश्वर नहीं है, पिता के चार सौ वर्ष पीछे जीवित दार्शनिक स्टोन में बदल गया।
प्रॉमिस डे आता है और पिता ग्रहण के बाद अपनी रणनीति शुरू करने की तैयारी करते हैं और जिन लोगों ने उनके बलिदान के रूप में मानव संचार की कोशिश की, वे जरूरी हैं। फादर की मिनियन्स के साथ विभिन्न विरोध, सभी होमुनकुली की समाप्ति के साथ। एक मजबूर मस्टैंग के साथ-साथ एलीट्रिक्स, इज़ुमी, होहेनहेम को एकत्रित किया जाता है क्योंकि डैड राष्ट्रीय प्रसारण को सक्रिय करते हैं। फिर भी, स्कार और होहेनहेम ने अमेस्ट्रियन को सक्रिय किया ताकि काउंटरमेशर द्वारा बचाया जा सके। लालच पिता द्वारा बर्बाद कर दिया जाता है, हालांकि पिताजी का सामना जमीन से ऊपर होता है, जहां नायक उसे अपने दार्शनिक स्टोन को पहनने के लिए लड़ते हैं।
अल्फोंस, जिसका कवच सब कुछ है, लेकिन पिता के खिलाफ अंतिम संघर्ष के माध्यम से बर्बाद हो जाता है, अपनी आत्मा को दाहिने हाथ को फिर से पाने के लिए देता है, जो बदले में फादर स्टोन को बर्बाद कर देता है, उसे एडवर्ड के सत्य के ईथर गेट पर वापस भेज देता है। एडवर्ड आत्मा और अल्फोंस के शरीर को ठीक करने के लिए कीमिया करने की अपनी शक्ति खो देता है। होहेनहेम कब्र को देखता है जहाँ वह त्रिशा की मुस्कराहट पाती है।
