2065 में, पृथ्वी नोवा नामक अतिरिक्त-आयामी एलियंस के साथ एक युद्ध के केंद्र में है। सशस्त्र बल पंडोरा विकसित करते हैं, बेटियों को प्रशिक्षित करते हैं जो विशेष आनुवंशिक ऊतक का उपयोग कर सकते हैं जिसे स्टिगमाटा (सीकोन) कहा जाता है जो अलौकिक लड़ने वाले हथियार प्रणालियों और कौशल को दिखाते हैं। पंडोरा का समर्थन करने वाले पुरुष साथी होते हैं जिन्हें लिमिटर कहा जाता है, जो अपनी प्रतिस्पर्धा की स्वतंत्रता को प्रतिबंधित करने के लिए विशेष "ठंड" शक्तियों का उपयोग करते हैं।
इन सीमाओं में से कोई भी कज़ुया आओई है, जिसकी दिवंगत बहन पंडोरा थी। काज़ुआ जापान में वेस्ट जेनेटिक्स अकादमी में भाग लेने के दौरान अपने बुलंद अंदाज और अपनी चरम उदासीनता के आधार पर एक मजबूत पेंडोरा, सैटलाइज़र एल ब्रिजेट से मिलता है, जिसका नाम अछूत रानी रखा गया है। अपने सहपाठियों से सतेलाइज़र को साफ करने की चेतावनी के बावजूद, वह कज़ुया से मित्रता करता है, और अपनी सीमा के होने का अनुरोध करता है। Satellizer उसके साथ संबद्ध होने के लिए सहमति देता है, भले ही वह जल्द ही राणा लिनचेन नाम के प्रेम प्रसंग में एक प्रतियोगिता में आता है, जो मानता है कि बदलते पदों और पाठ्यक्रमों के कॉलेज विरोधियों के खिलाफ कई झगड़े के माध्यम से उसका समर्थन करने के बाद काजुया उसकी आत्मा है। जब नोवा ने अपने कॉलेज को पंडोरा का उपयोग करके अपने संस्थान की भूमिगत प्रयोगशाला तक पहुंच प्राप्त करने के लिए अपने नियंत्रण में हमला किया, तो उनकी प्रतियोगिता दूर रखी गई।
Satellizer और Kazuya, अलास्का की एक प्रयोगशाला में वेस्ट जेनेटिक्स के कुछ विद्यार्थियों के साथ जुड़ते हैं, जहाँ वे इवोल्यूशन पेंडोरा (E भानुमती) के साथ मिलकर काम कर सकते हैं, जिससे सामान्य महिलाओं को Stigmata प्रत्यारोपण करने के लिए Pandoras बन सकता है। जब ई पांडोरा में से कोई एक झटके में चला जाता है, तो दूसरे लोग यह जारी करते हैं कि क्या प्रयोग में दवाएं खतरनाक नहीं हैं, लेकिन व्यवसाय संगठन के साथ-साथ प्रबंधक की इच्छाओं का पालन करने के लिए बनाई गई हैं। यह पता लगाने पर कि जब तक वे खर्च करने योग्य नहीं हो जाते, तब तक उनका उपयोग किया जाना है, ई-पेंडोरा अमेलिया इवांस एक विद्रोह को निर्देशित करता है जो नोवा क्लैश पर पूर्ण रूप से आगे बढ़ता है।
काजुया नोवा के साथ-साथ पंडोरा में अपने परिवार के लिंक के बारे में अधिक जानती है। काज़ुया के दादाजी गेंगो आओई को वही काम मिला, जो राणा और सैटेलिज़र को वाल्किरीज़ नामक महिलाओं के साथ एक अनूठी टीम में सेट करता है। फिर भी, कस्टमाइज़्ड नोवा के साथ प्रदर्शन गतिविधि के दौरान जो कि डमी है, भ्रमों को पांडोरास द्वारा अनुभव किया जाता है, साथ ही डमी नोवा 100 के नोवा का एक दिग्गज बन जाता है जो जेनेटिक्स को डिक्रिप्ट करता है। गेंगो ने कजुआ की मौसी के रूप में लीजेंडरी पांडोराओं को हटा दिया। गेंगो की हत्या करने के चेवालियर के प्रयास को कई दोषियों ने बस्ट्स कहा, जब कुछ लीजेंडरी पांडोरा घातक नोवास में बदल जाते हैं, लेकिन असाइनमेंट अलग हो जाता है।
