यह शो काफी शक्तिशाली और घनिष्ठ मित्रता वाले युवा मित्रों, सयाओरन, एक युवा पुरातत्वविद्, जो सकुरा के अंदर एक खंडहर की जांच कर रहा है, और किंगडम ऑफ क्लॉ, किंगडम ऑफ क्लॉ की राजकुमारी और दिवंगत राजा क्लॉ रीड की बेटी, के परिचय से शुरू होता है। जब सकुरा और सयाओरन खंडहरों में आते हैं, तो उसकी आत्मा पंखों के एक सेट का प्रकार धारण कर लेती है जो भूतिया होते हैं और अन्य मापों में विघटित हो जाते हैं। सयाओरन डायमेंशनल चुड़ैल, युको इचिहारा को संतुष्ट करता है, जिससे वह सकुरा को बचाने के लिए सहायता मांगता है क्योंकि वह एक कैटेटोनिक निकट-मृत्यु की स्थिति में उतरती है। युको को दो अन्य लोगों द्वारा देखा जा सकता है जिनकी अपनी विशेष इच्छा है: कुरोगाने, एक निंजा जो राजकुमारी टोमोयो द्वारा अपनी दुनिया से निर्वासित किए जाने के बाद अपने घर की दुनिया में वापस जाना चाहता है ताकि वह समझ सके कि सच्ची शक्ति क्या है; और फाई डी. फ़्लोराइट, एक जादूगर जो अपने राजा, आशूरा-? को रोकने के लिए, अपने घर की दुनिया, सेलेस में कभी नहीं लौटना चाहता है। माप के पार जाने की शक्ति के बदले में, युको को यह चाहिए कि प्रत्येक व्यक्ति उस चीज़ के साथ खर्च करे जिसे वे सबसे अधिक महत्व देते हैं: उसकी तलवार गिन्री कुरोगाने द्वारा प्रदान की जाती है?; फ़ाई और सयाओरन उस तात की पेशकश करते हैं जो क्रमशः उसकी जबरदस्त जादुई शक्ति और ऊर्जा और सकुरा की सभी यादों को दबा देता है जो उसे बुलाती हैं। युको फिर मोकोना मोदोकी नामक एक जानवर प्रदान करता है जो टीम को सकुरा के पंखों की तलाश में माप की यात्रा पर भेजता है। प्राथमिक पंख प्राप्त करने के बाद, साकुरा अपनी यादें पुनः प्राप्त करना शुरू कर देती है और अपनी भयावह स्थिति से जाग जाती है। अपने अनुभवों के दौरान, समूह धीरे-धीरे उस स्तर के करीब बढ़ता जाता है कि उन्हें फई द्वारा मजाक में रिश्तेदारों के रूप में लेबल किया जाता है। जैसे-जैसे वे यात्रा करते हैं, उन्हें पता चलता है कि पंख उन लोगों को कई अप्राकृतिक शक्तियां प्रदान करेंगे जिनके पास ये हैं और जिनकी अपनी अनूठी क्षमताएं हैं।
टोक्यो में अपनी यात्रा के दौरान, टीम ने पाया कि सयाओरन वास्तव में पहले सयाओरन के आधे दिल से भरा हुआ एक क्लोन है। कई साल पहले, फ़ेई ने सकुरा के पंखों को इकट्ठा करने के लिए क्लोन का निर्माण किया था और जिस जादूगर के कारण सकुरा ने उसकी याददाश्त खो दी थी, वांग रीड ने पहले स्याओरन को बंदी बना लिया था। फी-वांग के पहले सयाओरन ब्रेक के तुरंत बाद, उसका दिल क्लोन द्वारा खो गया और एक कठपुतली बन गया जो फी वांग की इच्छा का पालन करता है, टीम को धोखा देता है। टीम यात्रा में क्लोन को बचाने की चाहत में पहला सयाओरन सकुरा के साथ जुड़ जाता है। एक और भविष्यवाणी करते हुए जिसमें फाई फी-वांग द्वारा संचालित पहले सयाओरन को मारता है, सकुरा को उसके क्षेत्र में छुरा घोंपा जाता है, लेकिन एक बार आत्मा और उसके शरीर को विभाजित कर देता है, प्रत्येक को सेरेसु को अलग-अलग दुनिया के साथ-साथ ड्रीम वर्ल्ड भी प्रदान करता है। सपनों की दुनिया में, पंख पाने का प्रयास करते समय सकुरा की आत्मा सयाओरन क्लोन द्वारा नष्ट कर दी जाती है। इससे पहले कि उसकी आत्मा नष्ट हो जाए, सकुरा दिखाती है कि वह पहले सकुरा का क्लोन है जिसे फी वांग ने भी बंदी बना लिया था। फ़ेई वांग को बाद में सकुरा के शरीर को अपनी संग्रहीत ऊर्जा का उपयोग करने की आवश्यकता होती है। युको से यह समझते हुए कि फी वांग क्लॉ साम्राज्य में एक वैकल्पिक माप के भीतर है, टीम दो सकुराओं को बचाने के लिए प्रस्थान करती है। इस तरह का माप जो समानांतर है, वर्षों पहले फी वांग के अभिशाप से पहले सकुरा को संरक्षित करने की स्याओरन की इच्छा का प्रभाव है। अपनी चाहत को पूरा करने के लिए, स्याओरन फी वांग का कैदी बन गया और युको के सहायक किमिहिरो वतनुकी को उसकी पहली दुनिया में पृष्ठभूमि में स्याओरन की जगह लेने के लिए इस्तेमाल किया गया।
टीम फ़ेई वांग से मुकाबला करती है जो स्याओरन क्लोन को धोखा देने पर उसे बर्बाद कर देता है। फिर वह युको को पुनर्जीवित करने के लिए दो सकुराओं की शक्ति और अथाह शक्तिशाली शक्ति का उपयोग करता है, क्लॉ रीड द्वारा समय पर गलती से उसे रोकने के लिए उसे रोक दिया गया, जिससे उसने खुद को स्थापित कर लिया कि क्लॉ उससे कमतर नहीं है। युको क्लॉ के जादू को भुगतान के रूप में और उसके अस्तित्व का उपयोग क्लोनों को एक साथ रहने से पहले पुनर्जन्म करने में मदद करने के लिए करता है। जैसा कि दोनों समझते हैं कि स्ट्रिंग की सभी घटनाएं दोबारा होंगी, युको के स्टोर में उसके खिलाफ संघर्ष से पहले खुद को क्लोन द्वारा सील कर दिया गया है। टीम फ़ेई वांग को नष्ट करने में सफल होती है, जो लिंक के परिणामस्वरूप वतनुकी और उसके क्लोन दोनों को खींचकर, क्षेत्र और समय के बीच एक शून्य में सयाओरन को फंसा देता है। अपने प्रवर्तक के प्रस्थान का उपयोग करते हुए, स्याओरन और सकुरा के दोनों क्लोन दो पंख छोड़कर गायब हो जाते हैं। वतनुकी और सयाओरन लागत पाने के लिए खालीपन में भाग जाते हैं: सयाओरन को आगे बढ़ना चाहिए जबकि वतनुकी को युको के स्टोर में रहना चाहिए, हमेशा माप से गुजरना चाहिए। जहां फाई, कुरोगाने और मोकोना क्लोनों को पुनर्स्थापित करने का एक साधन प्राप्त करने की उम्मीद में एक बार फिर सयाओरन में शामिल होने का विकल्प चुनते हैं, जो दो पंखों के रूप में बने रहते हैं, टीम क्लॉ साम्राज्य में आराम करती है। अपने अलग-अलग रास्तों पर प्रस्थान करने से पहले, सकुरा और सयाओरन एक-दूसरे के लिए अपने निकट, पारस्परिक रूप से शक्तिशाली और शुद्ध अंतरंग प्रेम को स्वीकार करते हैं, जैसा कि वे फिर से पूरा होने की उम्मीद करते हैं।
